Wat te weten
- Sommige PDB-bestanden zijn programmadatabasebestanden.
- Open er een met een teksteditor of een programma zoals Geneious.
- Converteer naar een ander formaat met hetzelfde programma dat uw specifieke databasebestand opent.
Dit artikel legt uit wat een PDB-bestand is, hoe je er een opent en hoe je er een naar een ander formaat converteert.
Wat is een PDB-bestand?
Een bestand met de PDB-bestandsextensie is hoogstwaarschijnlijk een programmadatabasebestand dat wordt gebruikt om foutopsporingsinformatie over een programma of module te bevatten, zoals een DLL- of EXE-bestand. Ze worden soms symboolbestanden genoemd.
Het bestand wijst verschillende componenten en verklaringen in de broncode toe aan het uiteindelijke gecompileerde product, dat de debugger vervolgens kan gebruiken om het bronbestand en de locatie in het uitvoerbare bestand te vinden waar het het foutopsporingsproces zou moeten stoppen.
Sommige PDB-bestanden zijn in plaats daarvan in de Protein Data Bank-bestandsindeling. Dit zijn platte tekstbestanden die coördinaten met betrekking tot eiwitstructuren opslaan.
Andere PDB-bestanden kunnen worden gemaakt in de Palm Database- of PalmDOC-bestandsindeling en worden gebruikt met het PalmOS mobiele besturingssysteem; sommige bestanden in deze indeling gebruiken in plaats daarvan de. PRC-bestandsextensie. Nog een ander formaat dat dezelfde extensie gebruikt, is Tanida Demo Builder.
Hoe een PDB-bestand te openen
Verschillende programma's gebruiken hun eigen PDB-bestand om gegevens op te slaan in een soort gestructureerd databaseformaat, dus elke toepassing wordt gebruikt om zijn eigen type te openen.
Geneious, Quicken, Visual Studio en Pegasus zijn slechts enkele voorbeelden van programma's die het bestand als databasebestand kunnen gebruiken. Radare en PDBparse werken mogelijk ook.
Sommige PDB-bestanden worden opgeslagen als platte tekst, zoals Geneious' Program Debug Database-bestanden, en zijn volledig leesbaar voor mensen als ze worden geopend in een teksteditor. U kunt dit soort PDB-bestand openen met elk programma dat tekstdocumenten kan lezen, zoals het ingebouwde Kladblok-programma in Windows. Enkele andere compatibele viewers en editors zijn Notepad++ en Brackets.
Andere PDB-bestanden zijn geen tekstdocumenten en zijn alleen nuttig wanneer ze worden geopend met het programma waarvoor ze bedoeld zijn. Als de jouwe bijvoorbeeld op de een of andere manier gerelateerd is aan Quicken, probeer dan die software te gebruiken om deze te bekijken of te bewerken. Visual Studio verwacht een PDB-bestand te zien in dezelfde map als het DLL- of EXE-bestand.
Je kunt Protein Data Bank-bestanden bekijken en bewerken in Windows, Linux en macOS met Avogadro. Deze programma's kunnen het bestand ook openen: Jmol, RasMol, QuickPDB en USCF Chimera. Aangezien dit platte tekst is, kunt u er ook een openen in een teksteditor.
Palm Desktop zou dit bestand moeten kunnen openen als het in het Palm Database-bestandsformaat is, maar het kan zijn dat je het eerst moet hernoemen om de PRC-bestandsextensie te hebben zodat dat programma het kan herkennen. Kaliber is een andere optie.
Probeer STDU Viewer om een PalmDOC PDB-bestand te openen.
Tanida Demo Builder opent bestanden in dat formaat.
Een PDB-bestand converteren
Programmadatabasebestanden kunnen hoogstwaarschijnlijk niet worden geconverteerd naar een ander bestandsformaat, althans niet met een gewone bestandsconversietool. In plaats daarvan, als er een applicatie is die dit soort bestand kan converteren, zou het hetzelfde programma zijn dat het kan openen.
Als je bijvoorbeeld je databasebestand vanuit Quicken moet converteren, probeer dat programma dan te gebruiken. Dit type conversie is echter waarschijnlijk niet alleen van weinig nut, maar wordt ook niet ondersteund in deze database-applicaties (d.w.z. u hoeft dit soort PDB-bestand waarschijnlijk niet naar een ander formaat te converteren).
Protein Data Bank-bestanden kunnen worden geconverteerd naar andere formaten met MeshLab. Om dit te doen, moet u het mogelijk eerst converteren naar WRL met PyMOL uit de File > Afbeelding opslaan als > VRML menu en importeer vervolgens het WRL-bestand in MeshLab en gebruik het File > Export Mesh As menu om uiteindelijk het PDB-bestand te converteren naar STL of een ander bestandsformaat.
Als je het model niet in kleur wilt hebben, kun je het bestand rechtstreeks naar STL exporteren met USCF Chimera (de downloadlink staat hierboven). Anders kunt u dezelfde methode gebruiken als hierboven (met MeshLab) om PDB naar WRL te converteren met USCF Chimera en vervolgens WRL naar STL te exporteren met MeshLab.
Om PDB naar PDF of EPUB te converteren, als je een PalmDOC-bestand hebt, is op een aantal manieren mogelijk, maar het gemakkelijkst is waarschijnlijk om een online converter zoals Zamzar te gebruiken. U kunt uw bestand uploaden naar die website om de optie te hebben om het naar die indelingen te converteren, evenals naar AZW3, FB2, MOBI, PML, PRC, TXT en andere eBook-bestandsindelingen.
Om er een te converteren naar het FASTA-formaat kan worden gedaan met de online PDB naar FASTA-converter van Meiler Lab.
Het is ook mogelijk om dit bestand online op te slaan in CIF (Crystallographic Information Format) met PDBx/mmCIF.
Kan het nog steeds niet openen?
Bestanden die niet worden geopend met een van de bovenstaande tools, zijn waarschijnlijk niet echt PDB-bestanden. Wat er zou kunnen gebeuren, is dat u de bestandsextensie verkeerd leest; sommige formaten gebruiken een achtervoegsel dat sterk lijkt op PDB, terwijl ze echt niets met elkaar te maken hebben en niet hetzelfde werken.
Een PDF-bestand is bijvoorbeeld een documentbestand, maar de meeste programma's van hierboven zullen de tekst en/of afbeeldingen niet correct weergeven als u er een probeert te openen met deze softwareprogramma's. Hetzelfde geldt voor andere bestanden met gelijk gespelde bestandsextensies, zoals DBF-, DB-, ADP-, PD-, PDE-, PDC-, PDO- en WPD-bestanden.
PBD is een andere die bij het EaseUS Todo Backup-programma hoort en daarom alleen nuttig is wanneer deze met die software wordt geopend.
Als je geen PDB-bestand hebt, onderzoek dan de bestandsextensie die je bestand wel heeft, zodat je het juiste programma kunt vinden dat het opent of converteert.
Geavanceerd lezen van PDB-bestanden
Je kunt veel meer lezen over programmadatabasebestanden van GitHub en Wintellect.
Er v alt ook meer te leren over Protein Data Bank-bestanden; zie Worldwide Protein Data Bank en RCSB PDB.
Veelgestelde vragen
- Hoe los ik het op als Visual Studio geen PDB-bestanden kan vinden of openen? Als u een bericht ziet waarin staat dat Visual Studio het PDB-bestand niet kan vinden of openen, probeer dan met behulp van de foutopsporingstool van Visual Studio. Ga naar Extra > Options > Debugging > Symbolen en selecteer Microsoft Symbol Servers
- Hoe open ik een PDB-bestand op Android? Gebruik een bestandslezer van derden om een PDB-bestand op Android te openen. Download de Cool Reader-app of een andere PDB-bestandsondersteunde lezer op Google Play.
